Kościół p.w. Świętej Trójcy to największy, a zarazem najstarszy kościół w dekanacie. W tej neobarokowej Świątyni otaczany jest czcią cudowny Obraz Matki Bożej z Dzieciątkiem Jezus na ręku. Matka Boża Kościerska jest Królową i Opiekunką rodzin chrześcijańskich.
Pierwsza wzmianka o parafii kościerskiej pochodzi z 1210 r. Parafia kościerska należała od chwili swojego powstania aż do roku 1826 do biskupa włocławskiego. Po 1826 r. Parafia św. Trójcy została włączona do biskupstwa chełmińskiego z siedzibą w Pelplinie. Równocześnie stała się siedzibą dekanatu.
Na przestrzeni wieków kościół parafialny wielokrotnie ulegał pożarom, które niszczyły świątynię w 1463 i w 1626 r. Istnienie drewnianej świątyni stwierdza sprawozdanie z wizyty biskupiej, pochodzącej z 1583 r. Nowy kościół murowany stanął w Kościerzynie w roku 1642.
Z jego okresu pochodzi ołtarz główny, ołtarze poboczne, zespół stall i niektóre obrazy. Tereny parafii ucierpiały znacznie w wyniku działań wojennych prowadzonych przez Rzeczpospolitą na przełomie XVII i XVIII w. Kolejny pożar kościoła miał miejsce w 1709 r. Lata 1709 – 1711 były dla tych terenów szczególnie tragiczne, mieszkańców Kościerzyny dziesiątkowały epidemie i przemarsze wojsk.
Nowy kościół wzniesiono w 1724 r., a konsekrowano w 1769 r. Kościół ten rozebrano mimo dobrego stanu, gdyż nie mieścił wiernych obszernej parafii. W latach 1914 – 1917 zbudowano nowy, obecny, duży neobarokowy kościół.
W 1970 r. Biskup chełmiński Kazimierz Kowalski, mając na względzie dzieje cudownego obrazu Matki Bożej, ustanowił w tym kościele maryjne sanktuarium.
Nowy etap w historii sanktuarium wiąże się z objęciem stanowiska proboszcza kościerskiej fary przez ks. Mariana Szczepińskiego , dziekana dekanatu kościerskiego. W 1997 r. zwraca się z prośbą do biskupa Pelplińskiego o nadanie tytuły Sanktuarium Maryjnemu w Kościerzynie: Matki Bożej Kościerskiej – Królowej Rodzin. Prośba ta została pozytywnie rozpatrzona przez księdza biskupa.
Uroczysta koronacja obrazu koronami papieskimi odbyła się w Kościerzynie 16 maja 1998r.
W czerwcu 2002 r. parafia Świętej Trójcy przeżyła koronację XV – wiecznej piety Matki Bożej Bolesnej znajdującej się w kościele sióstr Niepokalanek. Jest to niezwykły przypadek w dziejach Kościoła, aby na terenie jednej parafii znajdowały się dwa sanktuaria.
Obecny, duży neobarokowy kościół mieści dawny historyczny wystrój z wcześniejszych kościołów oraz neostylowe uzupełnienia. Jest to okazała budowla trzynawowa murowana z cegły na kamiennej podmurówce z wieżą nakrytą barokowym hełmem. Wnętrze nakryte jest drewnianym stropem. Większość wyposażenia świątyni pochodzi głównie z pierwszej połowy XVIII w.
Najstarszym zabytkiem świątyni jest późnogotycki obraz „Ukrzyżowanie” pochodzący z początku XVI w. znajdujący się w prawym bocznym ołtarzu. Okazały ołtarz główny, pochodzący z pierwszej połowy XVII w., stylowo należy do okresu przejściowego z renesansu w barok. W nastawie ołtarza widnieje płaskorzeźbiona scena koronacji Najświętszej Marii Panny. Dalsze wyposażenie świątyni składa się m. in. z rokokowej chrzcielnicy oraz barokowej ambony z malowaną podobizną starego XVIII-wiecznego kościoła.
W bocznej kaplicy kościerskiej fary umieszczony jest obraz Matki Bożej z dzieciątkiem na ręku. Jest to dzieło nieznanego malarza pochodzące z XVII w. odtwarzające obraz „Matki Bożej Śnieżnej”, nazywany również „Salus Populi Romani”, który od XI w. znajduje się w Rzymie w Bazylice Santa Maria Magiore.
